雍正三年(1725年)，雍正帝以结党营私之名，责令抚远大将军年羹尧自尽，同时削隆科多太保，后圈禁致死，并因此株连出汪景祺《西征随笔》案和查嗣庭“维民所止”试题案。雍正七年(1729年)，发生曾静遣其徒张熙策动川陕总督岳钟琪谋反的投书案，牵连到已故理学家吕留良。借此大兴文字狱，以作为控制思想和提高皇权权威的手段。
在制度创新上，雍正帝鉴于清朝没有行之有效的立储制度，屡次出现因争夺皇位继承权而产生争端，创立了秘密立储制度。为适应西北用兵之需，始设军机房，后又改为军机处。军机大臣只能缮述皇帝命令，使皇帝更加集大权于一身。他还在题本、奏本之外，命督抚、布政使、按察使等封疆大吏密折奏事，以加强皇帝对地方的控制。雍正四年，根据云贵总督鄂尔泰的建议，推行改土归流，取消云南、贵州、广西、湖南、四川的土司制度，委任官吏，加强了中央对上述地区的统治。
在经济上，雍正帝采取了一些旨在发展农业生产的传统措施。雍正二年(1724年)，开始实行直隶巡抚李维钧提出的“摊丁入亩”的赋役制度。为了解决人口日益增长所需粮食问题，鼓励垦荒，强调粮食生产，更加严格地执行传统的重农抑末方针，并反对开矿和发展手工业。由于黄河连年大水，雍正帝十分注意兴修水利，除治理黄河、建筑浙江海塘外，命怡亲王胤祥在直隶开展营用水利，在宁夏修筑和疏浚水渠。雍正元年，下令山西、陕西乐籍、浙江绍兴惰民、安徽徽州“伴当”，宁国世仆、广东疍户、江苏常熟丐户相继开豁为良，打击了残存的蓄奴制度，对社会发展起到积极作用。